W XVI-XVII w. nastąpił znaczny rozwój przestrzenny miasta, założono wodociągi, hale targowe i drukarnie, rozwijało się murarstwo (na przeł. XVI i XVII w. wykształcił się późnorenesansowy styl dekoracji architektonicznej z elementami manieryzmu, zw. lubelskim).
W 1655 r. miasto było świadkiem rzezi ok. 3 tys. Żydów dokonanej przez wojska moskiewskie i kozackie, co na wiele lat wstrzymało rozwój lubelskiej gminy żydowskiej. W wyniku dalszych zniszczeń podczas wojen szwedzkich w XVII i XVIII w. miasto podupadło i stało się jedynie ośrodkiem o randze regionalnej. Od 1795 r. było w zaborze austriackim, od 1809 r. w Księstwie Warszawskim, od 1815 r. w Królestwie Polskim.
Od 1805 r. Lublin jest stolicą diecezji rzymskokatolickiej. Faktyczne przeniesienie stolicy biskupiej z Krasnegostawu do Lublina nastąpiło w 1826 r., tymczasową katedrą była kolegiata św. Michała Archanioła, a od 1832 r. właściwą katedrą został nowo odnowiony kościół pojezuicki św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty. W 1837 r. Lublin stał się siedzibą władz guberni. W 1 poł. XIX w. w mieście działał słynny cadyk Jakub Jicchak Horowitz zw. Jasnowidzącym z Lublina (zm. 1815), później cadyk Lejber Eiger (zm. 1887).
Pewne ożywienie gospodarcze w 2 poł. XIX w. spowodowało uruchomienie linii kolejowej do Warszawy w 1877 r. W 1918 r. utworzenie pierwszego w Polsce Tymczasowego Rządu Ludowego Republiki Polskiej z Ignacym Daszyńskim na czele i pierwszej Rady Delegatów Robotniczych. W okresie międzywojennym nastąpił rozwój gospodarczy miasta (przemysł spożywczy, metalowy i handel zwłaszcza produktami rolnymi). Powstał Katolicki Uniwersytet Lubelski (1918). Rozwijał się ośrodek żydowskiego życia społecznego i kulturalnego (w 1930 r. założona została Jesziwa Mędrców Lublina – szkoła wyższego stopnia dla młodzieży męskiej).
W okresie okupacji hitlerowskiej w Lublinie funkcjonował obóz zagłady na Majdanku (ok. 200 tys. ofiar, głównie Żydów, także przedstawicieli ponad 20 narodowości) oraz założono 7 obozów pracy służby budowlanej, 6 obozów pracy przymusowej, 2 obozy przejściowe dla wysiedlanych Polaków (głównie z Zamojszczyzny) i Białorusinów, getto dla ok. 30 tys. Żydów (zgładzonych głównie w Bełżcu), areszt gestapo „Pod Zegarem” i więzienie na Zamku (przez które przeszło kilkadziesiąt tysięcy osób).
24 lipca 1944 r. oddziały Armii Czerwonej oraz lokalnie żołnierze Armii Krajowej wyparły hitlerowców z miasta. Lublin był krótko terenem jawnej działalności okręgowego delegata rządu RP i komendanta okręgu AK. Od 1 sierpnia 1944 r. do lutego 1945 r. miasto było siedzibą PKWN i Rządu Tymczasowego Rzeczypospolitej Polskiej.
Po wojnie w Zamku mieściło się ciężkie więzienie dla przeciwników politycznych pod nadzorem NKWD. Byłych akowców więziono także na terenie Majdanka.
W pierwszych latach po II wojnie światowej Lublin był bardzo intensywnie odbudowywany i rozbudowywany. Zbudowano tu wiele zakładów przemysłowych (m.in. Fabrykę Samochodów Ciężarowych), powstał nowy Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej, budowano liczne osiedla mieszkaniowe, nowe trasy komunikacyjne.
3 lipca 1949 r. miał miejsce tzw. cud lubelski. Uznany przez wiernych za płaczący obraz Matki Boskiej w katedrze spowodował masowy napływ pielgrzymów. 17 lipca 1949 r. w czasie zorganizowanego tu antyklerykalnego wiecu wymierzonego przeciw pielgrzymom doszło do zamieszek i aresztowań.
Do 1954 r. odbudowano Stare Miasto, odnowiono Zamek (likwidując znajdujące się tam więzienie). Wielokrotnie w okresie powojennym powiększane były granice miasta – obecna jego powierzchnia pięciokrotnie zwiększyła się w stosunku do 1939 r.
W lipcu 1980 r. był ośrodkiem strajków robotniczych.
9 czerwca 1987 r. Lublin odwiedził papież Jan Paweł II, który ponad 20 lat był profesorem KUL-u. Od 1992 r. miasto jest stolicą archidiecezji rzymskokatolickiej. Obecnie Lublin jest dziesiątym co do liczby mieszkańców miastem w Polsce i największym ośrodkiem we wsch. Polsce.